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1932. Bray-Curtis 距離とβ多様性 投稿者:北の大学院生 投稿日:2023/06/21 (Wed) 13:05:49: 杉本様
いつも大変お世話になっています。

門レベルで主成分分析を行ってみました。cor=Fで行うとCompが2までで寄与率85％でComp1は主要2門、comp2は次に多い3門と主要2門のLoadingsとなり、結果としては分かりやすい内容でした。

計算の練習で架空のデータを作ってシミュレーションとしてβ多様性解析で、条件をある程度揃えたり、ランダムサンプリングなどの工夫を行わないで、細菌叢解析においてBray-Curtis 距離で解析するといわゆる個体観測である生態系観測のデータの解析のように正しい値が出なくなってしまいました。

Bray-Curtis 距離を使用するには、分母？条件をそろえる必要があるということであっていますでしょうか。

（Jaccard距離は0，1なのでどのような時でも正しい値なので、仕方なくJaccard距離で解析しています。）

ご教授お願い致します。
今後ともよろしくお願いいたします。