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1934. Re[1933]:[1932]:Bray-Curtis 距離とβ多様性 投稿者:北の大学院生 投稿日:2023/06/22 (Thu) 13:05:22: 杉本様
いつも大変お世話になっています。丁寧な回答をありがとうございます。

最近はやりの細菌叢解析の疑問点がかなり解決しました。

私は、観測数のα多様性だけは、人の腸内細菌などではある程度同じ程度になると思い、極端に小さいものと大きいものは、１６S　RNAの抽出に失敗したことやコンタミによる汚染でサンプルの信頼性が低いという程度の情報だと思っています。その他のα多様性の指標は希少種を重要視していますが、希少種の考え方が生態系では保護すべきですが、体内では駆逐すべきだったり、保護すべきだったりと解釈は難しかったです。
β多様性の指標はどう使えばよいかあまり分からずに生態系観測のようなデータを自作してRのveganで試していました。

”細菌叢データはQOL等に用いられる尺度開発用アンケートデータと似たようなもの”と考えるとかなりわかりやすいです!!

研究は奥深く、このように気楽に質問できる環境を作っていただき誠にありがとうございます。大学と違いわからないことを専門家に聞けて本当に助かります。

別件ですが連動率に関してデータを解析しましたが、上司に受け入れてもらえなさそうでした( ；∀；)
１６人で連動率38.６％（8～75.9％）とパイロット試験で悪くない結果でしたが……
期待していた望ましい結果ではなかったのだと推察しています。

さらに、群内変化の検定は群間比較よりも偽陽性が高くなるのであまり良くないと説明していますが、私の説明力不足のためか、偽陽性でも結果が欲しいのかで受け入れてもらえません。

今の大学は研究機関とは、言え……と思ってしまいます。

今後ともよろしくお願いいたします。