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1962. 解析について 投稿者:北の大学院生 投稿日:2023/09/14 (Thu) 15:03:22: 杉本様
いつも大変お世話になっています。

SNPの解析に関してなのですが、やはり主成分分析または因子分析を行って、主成分スコア、主成分負荷量で散布図を描いて、回帰分析を行ったほうが良いということであっているでしょうか。

２群でそれぞれ3標本ずつサンプリングしたとき、様々な遺伝子を３人ずつの問診票の回答ととらえて、それぞれの群ごとに主成分分析を行い、主成分スコアで２群を0と1で識別してロジスティック回帰分析を行うという方法で良いでしょうか。

P値によって書かれるvolcano　poltはあまり意味ないという解釈で良いでしょうか。（一応plotしてみましたが。。。）

ご教授をよろしくお願いいたします。

また、オッズ比、リスク比、ハザード比に関してフィッシャー情報量などから、推定の誤差を予測しようと思い色々と調べていると、95％信頼区間に関して

“lower limit 割る upper limit”

が0.5以上で区間推定の精度良好など判断材料を知ることができました。
学習中に下記URL部でEXP(0.158)＝1.171がEXP(0.158)＝1.093になってしまっていると思われました。
http://www.snap-tck.com/room04/c01/stat/stat10/stat1003.html#:~:text=OR1U%3Dexp(0.158)%3D1.093

EZRで時間依存解析を方法のところをexactやefronに変更できましたが、やはり他にも近似を用いているようでパラメトリックな方法が分かりやすくて良いと改めて実感しました。非専門分野で計算したので、計算結果にどれだけの医学的価値があるかもできれば専門家に確認しようと思います。

今後ともよろしくお願いいたします。